天童魁斗是百万浮舟私立Aqua Bridge学园的学生，生活在高科技城市的他，却操纵着号称“魔法”的技术，与同学箭内摩耶同属于神秘组织贤者公会，被同学们嘲笑为“中二病”。受到“时间水晶”指引的他，认定怀有异世界记忆的转校生香香地爱丽丝正是自己的“救世主”，爱丽丝则希望魁斗能帮助自己回到异世界。科学的世界中是否真的有魔法，而异世界又是否真的存在，天童魁斗与他所建立的“帕托瓦启明魔导团”将寻得答案。